Chính phủ Namibia đã đưa ra kế hoạch xây dựng một nhà máy thủy điện trong khu vực Zambezi, điều này sẽ làm thay đổi dòng chảy của sông Okavango ở một mức độ nhất định. Trong khi những người ủng hộ cho rằng ảnh hưởng chỉ ở mức tối thiểu, thì các nhà môi trường cho rằng dự án này có thể phá hủy hầu hết môi trường sống của các loài động thực vật phong phú ở đồng bằng.[12] Các mối đe dọa khác bao gồm sự xâm lấn của con người địa phương và khai thác tài nguyên nước trong khu vực ở cả Angola và Namibia.[13]

Nhà làm phim tài liệu và bảo tồn người Nam Phi Rick Lomba đã từng đoạt giải thưởng với những thước phim của trong những năm 1980 đã cảnh báo về mối đe dọa của những đàn gia súc đến khu vực. Bộ phim tài liệu của ông có tựa đề The End of Eden đã miêu tả sinh động và chân thực bộ mặt của vùng đồng bằng, điều này đã có tiếng nói giúp duy trì tính toàn vẹn của nó trong suốt thời gian qua.